Главна цел на програмата за агроекологија е зачувување на земјоделството со високи природни вредности, односно задржување на традиционалното или екстензивно земјоделство, коешто помага во зачувување на агробиодиверзитетот (старите автохтони видови и сорти) и зачувување на пределот. За жал, поради обезбедување поголеми приноси, земјоделското производство сѐ повеќе се интензивира. Агроекосистемите имаат големо негативно влијание врз животната средина и природата, а колку земјоделството е поразвиено и поинтензивно, толку негативното влијание врз природата е поголемо, односно загадувањето на подземните води и загубата на живеалишта и растителни и животински видови е поголема. Исто така, тука е и директното влијание врз деградацијата на природните екосистеми со зафаќање на земјиште. Оваа програма покрај научната работа интензивно се фокусира и на подигнување на јавната свест кај земјоделците, сточарите и другите засегнати страни.
